集装箱种类繁多，分类方法也多种多样。根据装载货物的种类，有干集装箱、散货集装箱、液体集装箱、冷藏集装箱和一些特殊集装箱，如汽车集装箱、牲畜集装箱、兽皮集装箱等。一般货物集装箱是最常见的集装箱，主要用于运输一般货物。适用于各种不需要调节温度的货物。一般称为通用容器。

散装集装箱用于装载各种散装货物，如粉末和粒状货物。液体货物集装箱是用来运输液体货物的集装箱。冷藏集装箱是一种装有冷藏设备，内壁铺设低导热材料，用于装载冷冻、保温、保鲜货物的集装箱。汽车集装箱是一种专门设计运输汽车的集装箱，可分为两层。

笔式集装箱是专门为运输活牲畜而设计的一种集装箱，具有通风设施、喂食和排便装置。动物皮容器是专门用来盛装生皮等渗汁物品的容器。它有双层底，可以储存泄漏的液体。

根据制造材料，制造材料是指容器的主要部件（侧壁、端壁、顶部等），可分为三类：钢制容器、铝合金容器、玻璃钢容器，此外还有木质容器、不锈钢容器等，其中：钢制钢制容器具有强度高、结构坚固、焊接性好、水密性好、价格低廉等优点；缺点是重量重、耐腐蚀性差；铝合金容器采用铝合金材料制成，具有重量轻、外形美观、耐腐蚀等优点，弹性好，加工方便，加工成本和修理成本低，使用寿命长；缺点是成本高，焊接性能差；玻璃钢容器，采用玻璃钢材料制成，强度高，刚性好，容量大，隔热、耐腐蚀、耐化学腐蚀、易清洗、易清扫、易修理，但重量重、易老化、螺栓紧固强度低。

按结构可分为固定式集装箱、折叠式集装箱和薄壳式集装箱三种。固定式集装箱又可分为封闭式集装箱和敞顶式集装箱、板框式集装箱等；折叠式集装箱是指集装箱的主要部件（集装箱的侧壁、端壁和顶部）可以简单折叠或拆卸，再次使用时可以方便地重新组合；薄壳容器是一种由所有构件组成的钢制容器，具有重量轻、能适应扭矩而不引起变形的优点。